После заливки конечно не появятся на сайтах, ведь сайты не умеют распознавать метаданные из файлов (кроме стандартного набора title, description, keywords), иначе бы и разработана программа не была

Программа автоматически осуществляет сабмит, без вашего участия, после чего будут и категории с другими метаданными прописаны, и файлы на проверку отправлены.
Проставлять категории в программе можно для всех стоков, для каких вы не смогли?
Интерфейс - это уже другой вопрос, это субъективное. Если есть конкретные предложения - пишите, обсудим.
По проблемам с заливкой - программа лишь промежуточное звено между вами и стоком, она так же, как и при ручной загрузке, зависит от вашего провайдера, вашего антивируса, вашего роутера/модема, сервера стока и т.п.
Любые проблемы можно и нужно решать, но подходить к этому нужно конкретно по каждому стоку. Описывайте проблемы подробно - будем разбираться.