Судя по описанию формата - с файлами всё в порядке.
Возможно проблема в клиенте, через который Вы заливаете ролики. Попробуйте другой (Файлзиллу, встроенный в Тотал Коммандер и т.п.).
У меня и позавчера, и сегодня ночью нормально залилось и засабмитилось по 25 футажей.