Если файлы на сайте в незавершенных, то программа их просабмитит при следующей попытке сабмита.
Этого не произойдет в одном из следующих случаев:
1. вы переместили/переименовали/удалили исходные файлы на диске, либо поменялась буква диска;
2. при заливке возникали проблемы и залилось несколько копий, одна просабмитилась - остальные программа не сабмитит (проверьте наличие дубликатов в пендинге и уже принятых/отрежекченных файлах);
3. при сабмите возникают ошибки (в этом случае прграмма выдаст сообщение).
4. при загрузке был краш программы или некорректное завершение работы компьютера - в этом случае файлы надо перезалить.
Если пункты 2 и 3 не подходят - остается только пункт 1 или 4.