Безусловно, у каждого типа загрузки свои преимущества.
Загрузка по FTP может быть более удобной, если вы работаете сразу на несколько стоков и грузите по многу картинок. В этом случае удобнее автоматом загрузить сначала картинки на все стоки, а потом уже их раскидывать по рубрикам.
В помощи такому варианту есть и инструмент для копирования рубрик из соседней картинки.