Хм, разработчики писали, что в последний раз проверяли тупо по тому, позволяет ли сабмиттер туда заливать (т.е. скачали программу, поставили и смотрели, работает она для айстока или нет). То есть получается, что конечного пользователя они на данный момент не отслеживают, а просто на словах пугают, пытаясь добиться отключения этой функции в самом сабмиттере.
Что же касается отслеживания использования сабмиттера пользователем, они могут его вычислить по сабмиттерскому полю нестандартных метаданных (то, по чему сабмиттер отслеживает, что он загрузил/засабмитил, а что нет). Но оно будет даже если работа просто была атрибутирована сабмиттером, а загружена потом на Айс вручную. То есть сабмиттером вообще будет опасно пользоваться, если грузите на Айс.
Ну и поскольку сабмиттеру нужно как-то отслеживать загруженные файлы, вряд ли этот момент можно обойти.