Вот у меня не совсем так получилось. Заливал 2 или 3 раза один видеофайл на шаттер - нет его, и все тут. Захожу файлзиллой посмотреть (не залить!) - он лежит в фтп. Удаляю, заливаю снова - тот же эффект. Пересчитал ролик, чуть укоротил, заливаю - снова нет. Заливаю его же файлзиллой - в какой-то момент в папке фтп оба ролика (одинаковая длина и то же самое содержание, разные имена), а потом в процессинг уходит один (тот, который я файлзиллой заливал), а тот, который стоксабмиттером залил - просто исчезает.
Я предполагаю два момента: либо критичным является имя файла, либо содержимое файла меняется при пересылке (я не проверял залитый стоксабмиттером файл на скачиваение и проигрывание, так это просто версия)