Все дело в том сколько одновременных потоков дает вам ваш провайдер.
Если у вас включены торренты на нескольких потоков, плюс играет какой-нибудь интернет радио, да скайп с аськой, то оставшиеся задачи передаются в дуплексном режиме, тоесть передается чуть-чуть первый файл, потом чуть-счуть второго, третьего, и.т.д.
Были такие проблемы при на беспроводном интернете, выставил передавать по одному файлу и забыл о проблемах. Советую поступить также.
Р.S. Пользую CuteFTP. Надеюсь помог