Процент от чего то - это тоже самое, что умножение
Т.е. +3,99% это значит умножить на 1,0399, и поэтому не имеет разницы добавляют этот процент (т.е. умножают) на финальную сумму (после конвертации валют) или добавляют этот процент на курс конвертации после чего этот курс конвертации будет умножен все равно на то, что конвертрую (т.е. сумму в $)
Вот вам краткий курс арифметики для 4 класса
)