я до конца не понимаю что вы делаете с видео, но у меня была ситуация - камера поламалась (снимал всегда в интерлейсе), и пришлось снимать LoveStory на фотоапарат. Ситуация была аналогичная когда захотелось в Премьре замедлить на 50%. Короче на.бался
Выходил из ситуации - экспортировал в несжатое, а потом в h264, но 10% строба осталось. Иногда еще помогает дефрагментация дисков и чистка реестра, если не много памяти, видео карточка старая, и диски забиты более 60%.
Более надежный вариант - это сделать все в Афтере