Хм...странно ...я в программе специально сделал вставку, которая не должна давать спать компу. Т.к. программа есть робот, и должна выполнять задачи ... мб отсюда глюки? Попробуйте выключать ее совсем, перед "засыпанием".
Сам запрет происходит путем сообщения MacOSX, что мы хотим, что-бы процессор работал всегда. Это все, что я знаю. Точнее сказать не могу, что произойдет, если вы принуждаете комп спать.
Кстати...возможно вы сделали гибернацию в момент сохранения настроек (а это часто, например последний баланс раз в 15 минут на сток - для 10 стоков будет чаще итого), т.о. старый файл система удалила, тут произошел сон, и новый уже никто не записал. Возможен и такой вариант.