Программа для одного и того же файла всегда ставит одно и то же имя на стоке.
Кроме того, от совпадения имен проблема с загрузкой дубликатов никак не решится, т.к. стоки позволяют грузить несколько работ с одинаковыми именами.
О причинах глюка в вашем случае могу лишь догадываться - возможно при загрузке по фтп возникали ошибки и программа повторяла попытку, а сток воспринимал это как разные файлы. Либо вы сами выставили файлу статус "готов" и повторно залили его.
Почему не рекомендуется использовать оригинальные имена - потому что многие стоки очень не любят нестандартные символы в именах файлов, и у многих пользователей такие символы в именах есть.
Поэтому если вы абсолютно не уверены, что используете лишь латиницу, цифры и подчеркивания в именах файлах - эту опцию я включать крайне не рекомендую.