На этом стоке удобнее всего, мне кажется, грузить через быстрый Multi-Upload (Flash/HTML5)-загрузчик, просто перетаскивая мышкой выделенные пары файлов: хоть 20 пар или больше, eps рекомендуют архивировать, но не обязательно. Через Standard HTML form грузить не удобно, но если по каким-либо причинам компьютер не может грузить через Multi-Upload, то Standard HTML-загрузчик может выручить. Ну и еще есть ФТП, хоть его не все любят, и даже не все пробовали грузить по ФТП, как и Вы.
На странице загрузки есть требования и рекомендации по загрузке:
EPS up to 10th version (8th version recommended). Optional: ZIP archive recommended
JPG preview (min. 1600 x 1200 px) as separate file (NOT included to ZIP archive). Vector graphics without JPG preview file will be discarded.
All the formats must have the same filename (except format extension).
Optional: you may also upload CDR (up to 9 version) and/or WMF and SVG files as additional formats (as separate and not archived files)