Если там уже 12к, то проверка незавершенных будет занимать очень много времени, но по ее истечению должен сабмитить.
Если вы дождались конца проверки, а сабмит не пошел - вероятно файлы по старым путям на диске больше не находятся, надо их вернуть на место.
Если же сабмит идет, но сабмитит только 100 файлов а затем новый таймер запускает - вы можете в настройках по Дримсу повысить количество сабмитящихся за 1 раз файлов (чем больше у вас оперативной памяти - тем больше можно ставить, вплоть до пары тысяч, если у вас 16Гб памяти).