Суть вашей проблемы, судя по всему, в следующем:
1. На самом деле изображение "горизонтальное"
2. Присутствует тэг EXIF.Orientation. Он и указывает программам, как "правильно" отображать картинку. Именно отображать - не более.
Далее: некоторые (сейчас большинство) программы реагируют на этот тэг, некоторые нет, но банки, как правило, желают видеть картинку ориентированную "правильно" физически.
Что делать, варианты:
1. Как правило при конвертации из RAW либо пересохранении в редакторе картинка записывается уже в "правильной" ориентации физически.
2. Для пакетной обработки можно применить пакет imagemagick в комплекте с, например, exiftool. Но готовьтесь читать документацию и разбираться с ключами командной строки.
3. Придумайте что-нть сами исходя из сути проблемы ;-)