Как раз и важно откуда ) В старых версиях илла так и было. Потом они что-то изменили в алгоритме путей, уже давно. Такие штуки еще появляются при импортировании из сторонних векторных редакторов. Насколько я помню, то если в палитре Apperance сделать Clear Apperance и снова применить заливку, то дырки исчезают и больше не появляются