Используя Ваш совет экспорт прошел более удачно. Но по слоям в PSD разбило только то где я убрал режимы наложения, то есть перекрасил заново и поставил Normal, остальное склеило в одну картинку.
Видимо нужно всю работу перекрасить и поставить Normal в режимах наложения... Интересно было ли у кого то тоже самое и что вы делали?