Ну, если уж на то пошло, то чтобы связать платеж с договором, нужен акт (со ссылкой на договор и сумму платежа).
Мне кажется, в налоговой просто не стали вникать, что за бумажки вы принесли. А вы слишком смело интерпретируете этот факт.
С профильным юристом общались на эту тему?