Ваша папка не на внешнем жестком диске находилась? Такие глюки чаще всего с ними случаются.
Еще бы надо проверить разъемы кабеля, которыми жесткий диск подключается, у меня было такое, что диск из-за дефекта разъема время от времени отключался.
И я бы диск, на который не записались файлы, проверила на ошибки, потом переформатировала и если бы использовала, то не для работы, а только для хранения не особо важных файлов.