Надо хотя бы запрос на выключение программы поставить, а не на включение. Или бэкапить молча, при сворачивании в трей. Или так же молча, при включении. Пользователю вообще не нужно жать "Да", ждать и жать "Ок".
Регулярная ситуация - открыта папка, в которой пятьсот файлов. Они будут прогружаться какое-то время. Запустил СС и пошел в другую прогу. Поделал дела, вернулся - не желаете ли бэкап? Ну ладно, Да. Ушел опять. Возвращаешься, прогрузилось уже? Нет, надо еще Ок нажать.