Blotty, С нажатой кнопкой "Affect Pivot Only" нажимаете кнопку привязки (расположена в верхнем тулбаре слева от менеджера слоев) и после кликаете на свой объект.
Должно высветиться окно с привязками. Ставите галку только по Z, Current Object = Pivot, Target Object = Minimum.
Важно, чтобы при этом активным было окно перспективы/изометрии/камеры.
Это для уже созданного объекта.
Если правильно вас понял:
вы создаете примитивы, типа бокс, сфера, цилиндр и т.п.
Чтобы при создании пивот автоматом был в нуле - создавайте их в виде "Top". Только у сферы он всегда будет в центре.