RGB objects - это хорошо, не трогайте их.
Вы лучше попробуйте создать 2 новых квадратика и протестировать Pathfinder на них.
Такое бывает в основном в сложных работах, где можно запутаться.
Можете еще попробовать выделить каждый из злополучных объектов (выделять только один объект) и нажать вот эту кнопочку:
Иногда помогает
