Чтобы вручную каждый файл не просматривать - можно сделать фильтр по статусу проблемного стока, затем отсортировать по статусу и все проблемные работы окажутся подряд
Режим ФТП можно включить и в программе (если речь о шаттере), если он у вас работает более надежно.