Делаешь копию красного эллипса. (выделяешь красный, потом CRL+C > CRL+F)
Edit > Arrange >Bring to front.
Делаешь копию зелёного эллипса. (выделяешь зелёный, потом CRL+C > CRL+F)
Edit > Arrange >Bring to front.
Выделяешь верхние зелёный и следующий за ним красный .
Клик правой кнопкой мыши. В вылезшем меню выбираешь "Make clipping mask"
Не сильно элегантно, но единственный работающий способ это сделать.