Вас интересует надежно ли хранятся пароли? Или не сворует ли их программа?
Пароли хранятся надежно. А программу можно проверить, если у Вас есть файрвол.
Но если паранойя берет верх, то можете никаких паролей не вводить - программа много чего полезного умеет и без отправки файлов на FTP.
P.S. А вообще программы такого уровня пишутся не для того, чтобы пароли своровать. Потому что и человека найти легко и что с вашими паролями делать - непонятно, ведь все финансовые потоки отслеживаются и те же манибукерс очень рады побороться с мошенниками и террористами, только пальцем ткни.