Сабмиттер кодирует имена в формат base64, т.е. если у вас имена не повторяются, то и закодированные имена повторяться не будут. Если хотите, можете раскодировать назад и увидеть оригинальное имя:
https://www.base64decode.org/
Так же можно загружать сабмиттером с оригинальными именами файлов, для этого есть соответсвующая настройка. Только следите, чтобы не было русских букв и спецсимволов в названиях.
В вашем случае вы можете утром просто поменять статус незасабмиченных файлов на "готов к загрузке" и залить их еще раз и засабмитить.