Если я правильно понял Вас, то этот эффект называется "строб".
Полностью исключить его в случае с быстрым движением практически невозможно. Уменьшить - можно, единственный способ - увеличивать частоту кадров в секунду до 50 или 60 фпс (ну и выдержку соответственно).
Программно можно частично или полностью исправить при помощи Motion Blur в том же АЕ.
PS. Да, и тоже поддерживаю советы выше, что выдержка не должна быть слишком короткой - это тоже провоцирует/усиливает строб на быстром движении.