У меня так.
Диск Е "ФОТОСТОКИ" (корневая директория)
В ней тематические папки, условно: АРХИТЕКТУРА, ЖИВОТНЫЕ, ИНСТРУМЕНТЫ...БЛАБЛБЛА
В каждой папке фоты которые надо делать и папка ПОРТФЕЛЬ в которой уже готовые работы по этой теме.
Как только я закончил с фото, я сохраняю псд файл (с исходником и всеми этапами обработки) + джыпег для отправки на стоки с одинаковыми именами и забрасываю их в папку ПОРТФЕЛЬ. Копию джипега закидываю в корневую директорию, там собираются все файлы готовые для отправки. Их хорошо видно, так как там только тематические папки. Равы (да простят меня

) не храню, исходник, как сообщалось выше, хранится в псд файле как самый нижний слой).
В принципе всё. После утверждения на шаттере, джипеги из корня удаляю. Те что не прошли, оставляю для повторной загрузки (можно в отдельной папке чтоб не путать их с файлами следующего батча).
Всегда знаю что у меня и где и тыд.