у меня на работе похожая фигня. Выключаю бухгалтерскую программу 1С, а потом выключаю компьютер. Если выключу комп слишком быстро (не выждав минуту-две), то завтра при включении 1С мне напишет, что последнее выключение было аварийным, некорректным, и надо всю базу индексировать на возможные ошибки.
вот с ФШ видимо так же.. и со многими массивными сложными программами.