Программа сама не заливает, она использует готовую библиотеку для загрузки по фтп.
Я могу обратиться в поддержку разработчиков библиотеки, но нужно будет записать wireshark-ом лог заливки одного и того же файла программой и вашим фтп клиентом, так, чтобы через программу загрузка не прошла. Тогда они смогут сравнить логи и найти отличия.