И правильно сделали. У меня так тоже было несколько лет назад и ещё здесь люди отписывались про такое. Если заплатить меньше, то будет недоплата. Что в декларации заявлено, то и надо платить. Если вы реально что-то посчитали неправильно и сумму можно уменьшить, но надо подать уточняющую декларацию.
А реально что-то в переплате появилось?