Повторюсь, дело в том, что депозит вероятно просто показал ТЕ ЖЕ самые файлы повторно в незавершенных, после того, как они уже были засабмичены.
Повторный сабмит, таким образом, ничего реально не сделал, но программа об этом не знала.
Файлы разумеется при этом были в одном экземпляре.
Чтобы избежать таких ситуаций, вы можете вручную снимать галку сабмита, если видите, что все загруженные файлы уже засабмичены (по количеству).