Сам недавно в этом разбирался. Нашел два способа. Делал как в этой статье
http://balbesof.net/article/a-99.html . Это метод маски, по тому же принципу как в фотошопе. Но если прозрачность уже сделана допустим выставлена в опции "градиент", то в опции Transparency(прозрачность) жмёшь кнопку make и убираешь галочку clip. Такой метод каким то образом делает невозможным дальнейшее редактирование этой прозрачности, так что советую иметь исходник в AI. Ещё не всё понятно самому, хочу побольше разобраться.