Вот
здесь описан способ как можно упростить себе жизнь.
Если по-русски, то вроде бы там рекомендуют конвертировать иллюстрацию в Live Paint объекты, а потом сразу сделать Expand. После этого все открытые пути вроде бы должны замкнуться...
Я сам этот метод пока еще не пробовал.