В премьере, когда меняете выходную частоту кадров, надо поставить галочку в энкодере: "use overlay frame" (использовать наложение кадров). И все будет нормально, необходимые промежуточные кадры будут дорисованы.
P.S.Но не в коем случае не делайте это сразу на тайм лайн, будут видны подергивания. Ставите 50 К/С на ТЛ, а в энкодере 30К/С