Таймер автосабмита останется и после приемки.
Программа не может знать, когда и сколько файлов могут появиться на стоке в незавершенных. Таймер автопроверки для того, чтобы проверять регулярно и по мере появления - сабмитить. Если бы все файлы проявлялись на стоках мгновенно сразу после загрузки - было бы конечно целесообразнее сабмитить сразу же после загрузки. Тогда бы программа знала, сколько файлов сабмитить надо и не проверяла по таймеру. Но мы живем не в идеальном мире, поэтому без автопроверки по таймеру никак.