Если вы сохраняете несколько артбордов сразу, то каждый из отдельно созданных файлов надо заново открыть и пересохранить, отключив галку use artboards. При этом везде создавайте фоновый слой, чтобы программа не обрезала композицию по границам нарисованнх объектов.
Насчёт заливки: речь о том, чтобы разобрать её (Expand). Потому что eps формат не поддерживает свотчи с узорами.