Дубликаты вызваны тем, что в момент сохранения метаданных у программы не было доступа на запись к файлам. Поскольку это у вас возникает не всегда, то единственная причина - совместный доступ к файлам.
Для того, чтобы такого не происходило, нужно минимизировать количество одновременных операций с файлами (не редактировать загружаемые/сабмитящиеся файлы, не переходить между каталогами во время загрузки/сабмита и т.п.).
По шаттеру - у них в последнее время сам сайт достаточно нестабильно работает.
Можете попробовать включить для него FTP режим загрузки, может быть поможет.