Банкоматы тоже подключены по dial up к обслуживающему банку. В случае, когда связь рвется, банкомат отрубается. Вообще, я так понял, связь с банком-эмитентом карты происходит через банк-владелец банкомата. POS-терминалы вообще-то не независимые устройства, а тоже работают через банк, обслуживающий торговую точку.
Процесс съема денег с карты - многоступенчатая операция. В момент выдачи наличности в своем банкомате, когда работа идет напрямую со счетом своего клиента, деньги списываются со счета сразу. А если банкомат "чужой", или это POS-терминал, то в момент оплаты на счете сумма блокируется (т.е. переводится на счет незавершенных операций, ожидающих подтверждения) до поступления подтверждающих документов. Как правило сумма блокирования немного больше, чем платеж вместе с комиссиями. После подтверждения правильности платежа лишние забокированные деньги возвращаются на счет. Время совершения операции подтверждения - несколько рабочих дней. Если в банк поступил чек с подписью владельца карты и владелец не заявил об утере карты, деньги списываются со счета окончательно. Обычно комиссия при съеме наличных в чужом банкомате берется два раза: комиссия банка, выдавшего карту (размер написан в договоре карточного счета) и комиссия банка, в банкомат которого засунули карту. В своих банкоматах в основном комиссия не берется. Но бывают и исключения.
Это я так, в двух словах описал. На самом деле есть толстенное положение о порядке обслуживания карт и куча нормативных документов по этим вопросам. Там все очень подробно написано.